Thomas Luthi ha superado a Takaaki Nakagami que había sido el mejor piloto en la FP1. De esta forma el suizo termina el viernes como el piloto más rápido y además lo hace con una ventaja relativamente grande para ser Moto2, ya que Nakagami ha quedado casi a tres décimas y Franco Morbidelli a casi cuatro.
La sesión arrancaba muy temprano con la caída de Álex Márquez en la chicane de entrada a meta al pisar el piano interior. Aunque parecía una caída sin consecuencias, el piloto se quejaba de su hombro izquierdo y por la forma de coger el brazo no se descartaba una rotura de clavícula.
Mala y fea caída de Alex Rins en el momento más importante de la temporada. #JapaneseGP https://t.co/AnqWM1RCsO
— Movistar MotoGP (@movistar_motogp) 14 de octubre de 2016
Sam Lowes, Johann Zarco, Lorenzo Baldassarri, Sandro Cortese, Álex Márquez, Marcel Schrotter y Jonas Folger, que también sufrió una caída muy rápida a la salida del túnel, completaban las diez primeras posiciones.
Áxel Pons undécimo, Julito Simón décimo quinto, Edgar Pons décimo séptimo, Isaac Viñales décimo octavo, Iker Lecuona vigésimo tercero, Xavi Vierge vigésimo sexto y Álex Rins vigésimo noveno han sido como han quedado el resto de españoles. Hay que destacar también que Miguel Oliveira, tras probar en la FP1, no correrá debido a los dolores que todavía tiene en su hombro tras fracturarse la clavícula en el pasado GP de Aragón.