El Gran Premio Monster Energy de la República Checa en MotoGP se iniciaba tras una quick-start y mucho movimiento en boxes pues, tras la carrera de Moto2, la lluvia hizo acto de aparición mojando mucho el asfalto de Brno, sobre todo las tres primeras curvas. Con el sol otra vez en el cielo, los pilotos decidían cambiar los neumáticos rayados por los de seco, aunque la carrera seguía declarada en mojado flag-to-flag para que los pilotos pudiesen entrar a cambiar de moto en caso de nuevas lluvias. La salida se retrasaba 40 minutos para facilitar el secado de la pista con los BMW M Safety Car rodando, además de reducir la distancia total del GP en 1 vuelta (20 vueltas). Jorge Lorenzo era sustituido en este GP por Stefan Bradl.
La salida favorecía a Marc, seguido por Dovizioso, Miller, Rins, P. Espargaró, Rossi, Petrucci, Crutchlow, Nakagami y Quartararo. Mir y Morbidelli se iban al suelo tras un toque. Los dos primeros rodaban en 1’57.1, mientras que Rins aprovechaba para adelantar a Miller, que cerraba el cuarteto de cabeza, con claro hueco sobre el de KTM. Con 5 vueltas disputadas Marc lideraba con medio segundo sobre Dovi, y el dúo Rossi-Crutchlow adelantaba a Espargaró en su lucha particular por la quinta plaza, ya a 4 segundos de Miller. Mientras, el cuarteto de cabeza rodaba en 1’57.4, con menos de 1 segundo de separación.
Con media carrera disputada, el top10 se mantenía con Márquez, Dovizioso y Rins en cabeza, Miller descolgado y Crutchlow, Rossi, Quartararo, P. Espargaro, Petrucci y Nakagami por detrás. Una vuelta después, Marc apretaba (con susto en la curva 10 incluido) y se distanciaba en medio segundo del italiano, con Rins ya a 1.6 s.
Las últimas 5 vueltas evidenciaban que Marc había puesto tierra de por medio con Dovi, ya a 2.6 segundos del piloto de Honda. Rins y Miller intentaban recortar décimas respecto al piloto de Ducati en busca del podio, mientras que por detrás se afianzaban Crutchlow, Rossi, Quartararo, Petrucci, Nakagami y P. Espargaro. Viñales (11º) era la tercera Yamaha, con Bagnaia y Oliveira tras él. El duelo Miller-Rins era lo más interesante de la penúltima vuelta, con el australiano por delante del de Suzuki, una situación que se mantendría sin cambios hasta la bandera a cuadros.
