La segunda jornada de entrenamientos de MotoGP para el Gran Premio Monster Energy de la República Checa arrancaba en el Autódromo de Brno con una cuarta sesión de entrenamientos libres comandada por Marc Márquez (2’03.7) seguido de Maverick Viñales y Andrea Dovizioso, ambos a 7 décimas del heptacampeón del mundo. La Q1 repescaba a las dos KTM oficiales, por lo que Zarco (2’05.0) y Espargaró lucharían por la pole entre los 12 pilotos más rápidos.
Los 15 minutos de la segunda y definitiva tanda clasificatoria cronometrada se iniciaban sin lluvia pero con la pista mojada en la mayor parte del trazado, por lo que todos los pilotos salían con neumáticos de agua. Zarco (2’05.3) y Pol Espargaró encabezaban la tabla, seguidos por Miller, Rins y Viñales. Rins adelantaba a Márquez sin que éste se lo esperara, provocando un delicado shimmie al piloto de HRC. Poco después ambos pilotos entraban a boxes y el de Repsol cambiaba la moto para salir con slicks, al igual que Miller, Rins, Petrucci, Crutchlow y Viñales.
Los últimos minutos de entreno servían a “Dovi” para escalar al segundo puesto apurando sus neumáticos de lluvia, mientras que Márquez robaba el mejor tiempo al francés de KTM con un 2’04.1, poco después de que comenzara a llover. Jack Miller se situaba por detrás del español, mientras que el resto de puestos se mantenían inalterados. Cuando todo el mundo pensaba que el entreno estaba sentenciado, Márquez mejoraba su tiempo en 1.4 segundos (2’02.7), con Miller por el suelo intentando superar al de Honda Repsol. Zarco, finalmente, mantenía el tercer puesto.