Franco Morbidelli se ha llevado el mejor tiempo en la tabla combinada de tiempos después de ser el más rápido de la FP2 aunque las diferencias han sido mínimas entre las tres primeras posiciones. A menos de una décima encontramos a Takaaki Nakagami y a Álex Márquez, segundo y tercero respectivamente.
A lo largo de la FP2 ha habido multitud de pilotos encabezando brevemente la clasificación. Además de Morbidelli, Thomas Luthi, Álex Márquez o el piloto local Hafizs Syahrin ha marcado el mejor tiempo en algún momento.
Al igual que en Moto3 y MotoGP, no ha sido una sesión demasiado entretenida. Quizás ha habido más movimiento por la mañana cuando la sesión tuvo que ser detenida por una bandera roja tras varias caídas en la curva 14.
En la primera se vieron involucrados Edgar Pons y Julián Simón. El piloto del QMMF tenía que pasar por el centro médico con un fuerte golpe en la espalda tras ser golpeado por Edgar y se perderá el gran premio. Posteriormente se iba al suelo Sam Lowes en la curva 14 y cuando volvía a pista, se ha vuelto al suelo tras ser arrastrado por Johann Zarco que se había caído en el mismo punto. Atentos a lo curioso que ha sido todo:
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pons_racing</a>: "No hay otra para Rins. Tiene que intentar ganar la carrera". <a href="https://twitter.com/hashtag/MalaysianGP?src=hash">#MalaysianGP</a> <a href="https://t.co/Y3Gv8hnG2d">https://t.co/Y3Gv8hnG2d</a></p>— Movistar MotoGP (movistar_motogp) 28 de octubre de 2016
Completan las diez primeras posiciones Jonas Folger, Johann Zarco, Sandro Cortese, Thomas Luthi, Syahrin, Sam Lowes y Xavi Vierge. Áxel Pons undécimo, Álex Rins décimo séptimo, Isaac Viñales décimo octavo, Iker Lecuona vigésimo cuarto y Edgar Pons, tras dos caídas, vigésimo quinto.
